Title: LÄK BasV1 / Redogöra för begreppen mikroorganism och mikrobiota samt ange olika huvudtyper av mikroorganismer (S3)

Q: Hur definieras en art inom mikrobiologin, när sexuell fortplantning inte är relevant?
A: En art inom mikrobiologin definieras inom ramarna för diskontinuerlig variation. Diskontinuerlig variation (för prokaryoter och asexuella organismer) innebär att individerna i en art delar ett kärngenom (core genome) som definierar arten och dess egenskaper, men att det finns stor variation av ytterligare extra genetiskt material mellan individuella celler inom samma art.
—> Individerna inom en art är tillräckligt inbördes lika.
—> Pangenom = alla gener som återfinns i en viss art.
Ex 1: E. Coli, Salmonella och Shigella skulle i dag räknas som samma art, de delar tillräckligt mycket genetiskt material, men historiskt har de upptäckts och karakteriserats var och en för sig och namngetts som olika arter.
Ex 2: Klebsiella och Escherichia kan dela samma typ av plasmider (extrakromosomala cirkulära DNA) mellan sig, även många gener är desamma men de har tillräckligt stor skillnad för att definieras som olika arter.

Q: Hur är virus uppbyggda?
A: Virus består egentligen av viruspartiklar = virioner. De innehåller:
- nukleinsyra: DNA eller RNA (ss/ds)
- proteinskal = kapsid
—> tillsammans = NUKLEOKAPSIDEN
- ibland finns också ett hölje av proteiner och lipider som härstammar från cellmembraner
- ibland bär de med sig enzymer inuti virionen.

Q: Hur ser kapsidens sammansättning ut hos virus, och vad är dess funktion?
A: - Kapsiden består av ett fåtal proteiner.
- Proteinerna är grupperade i enheter = kapsomerer (ett fåtal proteiner i varje)
- Proteinerna grupperar sig i symmetriska strukturer, som beskrivs som helikala (=spiralformade) eller ikosahedrala (=fotbollsliknande, 20-sidig 12-hörning)
- Kapsidens funktion är att skydda genomet, antingen ihopsatt med nukleinsyran i sin spiral (helix) eller som ett bolliknande skal inuti vilket nukleinsyran ligger som ett nystan.
VP1, VP2, VP3 // L, S = kapsomerer

Q: Rita eller föreställ dig en bakterie och dess huvudkomponenter.
A: Membran + cellvägg + ev. hölje

Q: Hur definieras en art, när sexuell fortplantning är relevant (t ex hos eukaryoter)?
A: Sterilitetsbarriär att två individer kan få avkomma och att avkomman är fruktsam.
Gäller för sexuell reproduktion, t ex en korsning mellan arterna häst och åsna ger avkomman mula/mulåsna, men dessa kan inte få barn med varandra och är alltså inte en egen art.

Q: Vad är skillnaden mellan grampositiva (G+) och gramnegativa (G–) bakterier?
A: G+: —>Crystal Violet, membran–tjockt lager peptidoglykan (cellvägg)
G–: —>Counter-Stain Safranin, inre membran–tunt lager peptidoglykan (cellvägg)–yttre membran

Q: Vad är parasitologi?
A: Omfattar studier av parasiternas struktur, uppväxt, funktion, genetik, reproduktion samt parasitsjukdomar.

Q: Vad är en parasit?
A: Ryggradslösa organismer (t ex djur) som lever vidhäftade vid eller i en annan levande organism (värddjur) och tar sin näring ifrån denna. Traditionellt exkluderar man bakterier, svampar, virus, och växter, dock kan de leva parasitiskt (—> alla av dem + parasiter, protozoer, svampar, maskar = infektiösa agens).
Ex: protozoer (men klassas inte som djur fast liknande egenskaper)
—> Eukaryoter, har organeller
—> Egen metabolism
—> Ofta komplexa livscykler

Q: Vad är protozoer?
A: Encelliga eukaryota organismer, som uppvisar egenskaper som normalt förknippas med djur – exempelvis rörlighet och avsaknad av fotosyntes (dock ≠ djur).
Kan leva självständigt (heterotrofer) eller som parasiter på andra organismer.

Q: Varför är maskar och svampar eukaryota organismer, liksom protozoerna?
A: Till skillnad från bakterier och arkéer är de inga prokaryoter.
De första eukaryoterna var encelliga protozoer och därefter utvecklades flercelliga växter, svampar och djur. Så nutida protozoer, maskar och svampar är eukaryota och utvecklades efter protozoerna under evolutionen.

Q: Hur fungerar antibiotika?
A: Antibiotika fungerar bara på bakterier (och några fungerar också för vissa parasiter).
—> Antibiotika verkar på bakterier för att de angriper bakteriespecifika mekanismer som inte finns hos våra egna celler (eller hos virus).
Tre attackpunkter:
- Cellvägg (peptidoglykan)
- Ribosomer (proteinsyntes)
Ribosomerna hos bakterier är lite mindre + något olikt uppbyggda än våras
- Nukleinsyrasyntes (kromosomer)
De angriper sådant som inte finns hos eukaryota celler.
—> Gramfärgning spelar roll för antibiotikaval: t ex penicillin och dess derivat angriper all uppbyggnad av peptidoglykan som är specifikt för bakterier —> fungerar betydligt bättre på G+-bakterier vars yttre del är just en cellvägg av peptidoglykan.
—> Antibiotikaresistens uppträder ofta kort efter att antibiotikan börjar användas eftersom bakterier kan dela med sig av egenskaper till andra bakterier i samma population (horisontell överföring).

Q: Vad är mikrobiota?
A: Alla mikrober (=mikroorganismer: bakterier, svampar, protozoer, virus) i eller på kroppen eller i en specifik lokal (såsom ett organsystem t ex mag-tarmkanalen eller i Östersjön).

Q: Vad är mikrobiom?
A: Samtliga gener hos alla mikrober (=mikroorganismer: bakterier, svampar, protozoer, virus) i en definierad lokalisation.

Q: Vad är kommensialism inom mikrobiologin?
A: En kommensal mikroorganism är en mikroorganism (=mikrob: bakterier, svampar, protozoer, virus) som lever med/i samspel med människan.
T ex E. Coli som bl a producerar essentiella vitaminer åt oss i normala förhållanden).

Människokroppen består av ungefär lika många kroppsegna celler som prokaryota celler. En organism är således en blandning av eukaryota och prokaryota celler. De prokaryota cellerna i kroppen är anpassade till olika miljöer.

Q: Beskriv översiktligt humant papillomavirus (HPV).
A: DNA-virus som kan ge livmoderhalscancer (cervixcancer).
Det finns >100 papillomavirustyper. Några få, fr.a. HPV 16 och 18, orsakar cervixcancer.
Kan förebyggas med vaccination, >95% skydd mot smitta av de aktuella virustyperna, ingår nu i barnvaccinationsprogrammet.

Q: Vilken/a infektionssjukdom/ar har vi hittills kunna utrota?
A: Smittkoppor är den enda infektionssjukdom vi utrotat.

Q: Beskriv översiktligt E. Coli.
A: - Är en del av vår tarmmikrobiota men den kan ha patogena underarter. Dessa underarter har fått extra genetiskt material (t ex enterotoxigena E. Coli —> diarré).
- G–

Q: Beskriv översiktligt Streptococcus pneumonæ.
A: Pneumokocker som orsakar lunginflammation.
—> streptokocker (straight (chain) + coque=round)
—> lever i hals och näsa
—> sjukdom uppstår ofta när de är för många eller p g a nedsatt immunförsvar
—> G+

Q: Beskriv översiktligt Staphyloccocus aureus.
A: Finns normalt i näsa och hals och på hud, men kan också orsaka sjukdom om den hamnar på fel plats.
—> stafylokocker (grape/druvklase + coque=round)
—> vissa andra stafylokocker finns även i tarmen
—> G+

Q: Beskriv översiktligt Helicobacter pilori.
A: Har följt människan genom evolutionen men orsakar också magsår eller magcancer hos en liten del av de individer som har bakterien i magen.
—> adapterad till att leva i magsäcken där syrehalten är c:a 5% (de tål inte mer syre). 50% av hela jordens befolkning anses bära på bakterien, c:a 10-15% utvecklar sjukdom, antingen magsår eller magcancer p g a bärarskapet.
—> G–

Q: [...] orsakar malaria.
A: Plasmodium falsiparum