Title: T4 / BV6 / Modul 1 / Mikroorganismers indelning

Q: Vad är def av mikroorganismer?
A: - AN extremely small living thing that can be seen with a micorscope
- An organism (such as a bacterium or protozoan) of microscopic or ultramicroscopic size

Vilka gruper av mikroorganismer finns?

Q: Vad är en eukaryot?
A: Eukaryota celler innehåller en cellkärna och membranbundna organeller, såsom svampar och parasiter

Q: Vad är en prokaryot?
A: Prokaryota celler har varken membranbunden kärna eller membranbundna organeller, såsom bakterier

Q: Vad är virus och prioner?
A: - Virus - virus
- Prioner - proteiner

Q: Hur klassificeras domän?
A: Klassificeras genom stora morfologiska skillnader, såsom om de har cellkärna eller ej

Hur sker klassificiering av livet, på vilka nivåer?

Hur kan man klassificera prokaryoter på lägre nivåer in tree of life?

Q: Vad kan anv för att bestämma släktskap bland prokaryoter?
A: Den prokaryota ribosomen med sitt 16S rRNA

Q: Vad finns på genen för 16S rRNA?
A: - Ljusblå delar är gemensamma för alla prokaryoter - genom att kolla på hela sekvensen kan vi se att det är en bakterie, det variabla skiljer sig mellan prokaryoter

Vad mer finns på genen för 16S rRNA som varierar mellan prokaryoter?

Q: Vad kan man anv 16S rRNA sekvensering till?
A: - Baserat på detta kan man dela in dem
- Bakterier och virus har ej exoner och introner (övrigt)

Q: Vad är e. coli nära besläktat med?
A: Salmonella

Hur kan man se att e. coli och salmonella (enterica) är besläktade?

Q: Hur bestämmer man släktskap och skillnader under artnivå?
A: - Man har börjat utveckla "underart", "subtyp" och t.o.m kloner, som ger mycket info inom bakteriologin
- Bakterier är så nära att man ej kan skilja på dem med 16S-sekvenseringen - den funkar ej här
- Salmonella har 6 underarter, och de beter sig olika

Hur skiljer man på underarter (salmonella)?

Q: Hur sker klassifiering av olika underarter (ex salmonella)?
A: - En lista av saker som svarar på vilken underart det är, det är vilka ämnen de kan metabolisera

Q: Vilken indelning finns det under "underart"?
A: - Subtyp
- Subtyperna beter sig olika från varandra, då de infektioner de orsakar också har olika namn

Q: Hur skiljer man på subtyper (serovars/serotypes - salmonella)?
A: För salmonella anv man sig av agglutation

Q: Vad är agglutination?
A: Man anv sig av agglutination för att skilja mellan subtyp, antigen i lösning för sig själv då de ej binder till sig själv (är fria), men om man har antigen + antikropp mot de agglutterar de och man får en infektion
Om man har en antikropp som endast binder till en underart av bakterier tillsätter man antikropp och bakterie och ser om det blir en reaktion
- Man anv flagellen och LPS som antigen för att avgöra för salmonella
- Olika salmonella har olika flageller i olika typer

Q: Vad anv man sig av för salmonella (antigen) vid aggultination?
A: Man anv flagellen och LPS som
antigen för att avgöra för salmonella

Vad är H-antigen hos salmonella?

Vad är O-antigen hos salmonella?

Q: Vad är LPS för immunceller?
A: LPS är kattmynta för immunceller - den molekyl som aktiverar immuncellerna allra mest
- Lipopolysaccharid
  - Består av lipid A, polysacchardikejda och O-antigen (den variabla delen av polysacchariden)

Vad består O-antigen av för salmonella?

Q: Vad kan man dela in salmonella i under subtyp?
A: - Klon
- På klonnivå finns klinisk relevans fortfarande

Hur skiljer man på kloner (salmonella)?

Q: Vad ses vid single nucleotide polymorphism (SNP)
A: - Man måste kolla i gensekvensen och hitta enskilda baser där det skiljer sig

Q: När säger man att det är en ny klon?
A: Varje gång det sker en ny punktmutation blir det ej en ny klon, det krävs mer än vara en mutation för att det ska vara en ny klon

Q: Hur skiljer sig kloner från varandra?
A: Kloner skiljer sig åt i sina egenskaper

Hur skiljer sig klonen H58 från icke-H58?

Q: Vad är orsaken till att vi inte anv helgenomsekvenseringen för all klassificering?
A: - Dyrt
- Man kunde inte - helgenomsekvensering började inte anv före 2005 (första rapporten) och har typ anv i mindre än 10 år