Title: T4 / BV6 / Modul 1 / RNA-virus Replikation

Vilka typer av RNA-virus har vi (genom-typer)?

Q: Vilka gemensamma drag finns för RNA-virus?
A: - Har generellt mindre genom än DNA-virus
- Bär med sig eller kodar för RNA-beroende RNA-polymeras

Vad gör RNA-beroende RNA-polymeras och hur kan det jmf med andra polymeraser?

Q: Hur skiljer sig RNA-beroende RNA polymeras från de andra?
A: Det saknar "proof-reading", vilket gör att mutationer ansamlas snabbare än hos DNA-virus (undantag Coronaviridae)

Vilken typ av virus är mer mutationsbenägen?

Q: Vilken typ av "sjukdom" orsakar RNA-virus ofta?
A: Orsakar ofta akuta sjukdomar

Q: Hur läses mRNA av?
A: - mRNA har 2 olika ändar, en 5'-ände och en 3'-ände
- När ribosomen läser av koden för proteinet från mRNA kan dne endast läsa från 5' till 3'

Är mRNA + eller - RNA?

Q: Vilka grupper av + enkelsträngat RNA-virus förekommer (+ssRNA)?
A: - Coronaviridae
- Picornaviridae
- Flaviviridae
- Caliciviridae

Q: Hur replikeras +ssRNA virus?
A: 1. Virioner kommer in i cellen och avklädning sker
2. Translation av +ssRNA för att skapa RNA-beroende RNA-polymeras (RbRp)
3. RNA-replikation för att skapa templet för replikation av genom (blir till -ssRNA)
4. Replikation av genom mha RbRp, till fler +ssRNA

Q: Hur börjar replikation av + enkelsträngat RNA virus (+ssRNA)?
A: Börjar med translation för att skapa virusprotein som krävs för resten av livscykeln

Vad sker med poliovirusgenomet?

Vaad kan poliovirus orsaka?

Q: Vad bär + enkelsträngat RNA virus (+ssRNA) inte med sig?
A: Bär inte med sig RNA-beroende RNA polymeras (RbRp) i viruspartikeln

Q: Vad liknar arvsmassan hos +ssRNA virus?
A: Arvsmassan liknar ett vanligt mRNA, men är inte identisk till mRNA i sin struktur

Q: Hur sker replikation av -enkelsträngade RNA virus (-ssDNA)?
A: 1. Virioner kommer in i cellen där avklädning sker
2. -ssRNA kombinderas med RbRp och RNA replikation för att skapa templat för replikation av genom
3. Vi får då +ssRNA, med det sker replikation av RNA templat mha RbRp för att skapa genom
4. Vi får flera -ssRNA kopior

Q: Vad måste finnas för att -ssRNA virus ska kunna initiera en infektion?
A: Måste bära med sig RNA-beroende RNA polymeras (RbRp) i viruspartikeln för att kunna initiera en infektion

Q: Vad är ett undantag för att -ssRNA virus måste bära med sig RNA-beroende RNA polymeras (RbRp) i viruspartikeln?
A: Influenzavirus är ett undantag i replikationen av genomet - replikerar sitt -ssRNA genom i cellkärnan

Hur replikerar influenzavirus?

Q: Hur ser vissa genom ut hos -ssRNA virus?
A: Vissa har segmenterade genom

Vad kodar segmenterade -ssRNA virus för?

Vad kodar de olika segmenten i -ssRNA virus för (L-, M-, S-)?

Q: Hur replikeras dubbelsträngat RNA virus (dsRNA)?
A: 1. Inträde och avklädning i cellen
2. Transkription av -ssRNA strängen mha RbRp, som finns i viruspartikeln till +ssRNA
3. +ssRNA translateras och kombinderas med RbRp och Kapsid
4. Hopsättning sker
5. Genom replikation mha nya RbRp i viruspartikeln till dsRNA

Q: Vad består dsRNA av?
A: Består av komplementära +ssRNA och -ssRNA som tillsammans bildar dsRNA

Q: vad bär dsRNA virus med sig?
A: Bär med sig RNA-beroende RNA polymeras i viruspartikeln för att skapa mRNA mha -ssRNA som templat (även om +ssRNA kan i teorin anv som mRNA direkt)

Q: What is Rotavirus?
A: - Rotavirus is a highly contagious virus that commonly causes severe diarrhoea in children, which lasts for 3-8 days
- By the age of 5, your child would have been infected at least once, and it may happen again

Q: Hur replikeras +enkelsträngat RNA virus med DNA intermediär (+ssRNA-OT)?
A: 1. Binder till rec och leder till fusion med cellmembranet, +ssRNA fritt i cellen
2. Omvänt transkriptas (OT) från viruspartikeln skapar dsDNA av +ssRNA
3. dsDNA går in i cellkärnan
4. Genomet i form av dsDNA integreras i cellens genom mha integras
5. Replikation av genomet genom att transkribera det integrerade virusgenomet -> +ssRNA

Q: Hur verkar +ssRNA-OT i cellen?
A: Integration av virusets geno i värdcellens arvsmassa gör att infektionen pågår till värden dör

Q: Hur ser genomet för HIV-1 ut?
A: HIV-1 har inte ett segmenterat genom, men bär med sig 2 kopior av sitt RNA genom