Title: BV2 / BV2 - 2 / Modul 6 / Modul 6c / Nukleotidmetabolism - introduktion

Q: Vad använder vi nukleotider till?
A: - Byggstenar till RNA och DNA
- Energi i intermediärmetabolismen (ATP)
- Kofaktorer (FAD, NAD(P)H)
- Enkolspoolen och intermediärmetabolism (SAM, SAH)
- Signalering (cAMP, GTP/GDP-kopplade G proteiner, adenosin som transmitter i CNS)

Q: Vad kan nukleotidmetabolismen påverkas av?
A: Många läkemedel och vitaminer påverkar nukleotidmetabolismen (direkt eller indirekt)

Q: Vad sker avseende nukleotider när vi dricker kaffe?
A: När vi dricker kaffe hämmas adenosinreceptorn i CNS

Q: Varför heter det kväveBAS?
A: Kallas en bas för att det är en bas/grunden till den genetiska alfabetet

Q: Hur kan kvävebas-socker-fosfat molekyler ha olika namn?
A: De byter namn om det är det rena skelettet eller om de sitter ihop med sockret

Q: Vilka puriner finns?
A: - Adenin
- Guanin

Q: Vilka pyrimidiner finns?
A: - Tymin
- Uracil
- Cytosin

Q: Hur ser puriner ut?
A: De har 2 ringar

Q: Hur ser pyrimidiner ut?
A: De har bara 1 ring

Q: Vad är en nukleosid?
A: Kvävebas+socker

Q: Hur ser en nukleotid ut?
A: Kvävebas-socker-fosfat

Q: Hur ser en nukleosid monofosfat ut?
A: Kvävebas-socker-fosfat (1)

Q: Hur ser en nukleosid difosfat ut?
A: Kvävebas-socker-fosfat-fosfat

Q: Hur ser en nukleosid trifosfat ut?
A: Kvävebas-socker-fosfat-fosfat-fosfat (3)

Q: Hur skiljer sig ribos från deoxyribos?
A: Ribos har en OH-grupp
Deoxyribos har bara en H på samma ställe (oxiderad)

Q: Hur förkortas nukleotider om de är en ribos vs deoxyribos?
A: Ribos - AMP
Deoxyribos - dAMP

Q: Vilka nukleotider används som kofaktorer?
A: - NAD+/NADP+
- FAD
- CoA
- SAM/SAH

Q: Vilka nukleotider används i signalering?
A: - cAMP
- cGMP

Q: Vad används cAMP/cGMP för?
A: Intracellulära signaleringspathways

Q: Vad används NAD+/NADP+ till?
A: Redox reaktioner, e.g. i Krebs, glykolys, ETC och disulfidreduktas-system

Q: Vad används FAD till?
A: Redoxreaktioner, e.g. i Krebs och ETC

Q: Vad används CoA till?
A: T.ex. oxidation och syntes av fettsyror och oxidation av pyruvat

Q: Vad används SAM/SAH till?
A: T.ex. i metylerings pathways och transsulfhydration (cystein syntes)

Q: Vad är de 3 huvudsakliga skillnaderna mellan DNA och RNA?
A: DNA - deoxyribos, tymin (T), dubbelhelix
vs.
RNA - ribos, uracil (U), ensträngad

Q: Varför används ' (prime) inom benämning av DNA/RNA?
A: Vi säger ' hela tiden för att vi vill hålla isär siffrorna på kolen i sockret och de i kvävebasen
- De i socket benämns med prim'

Q: Vilka baser basparar?
A: Purin och pyrimidinskeletten basparar
- A-T/U
- C-G

Q: Hur kan DNA polymeras kopiera en tidigare DNA kedja och göra en kopia av den?
A: DNA polymeras
accepterar bara deoxyribonukleotider i 3-fosfat form - parar sedan A-T och C-G - basparning Purin-Pyrimidin

Q: Vilken typ av bindning bildar DNA pol och mellan vad?
A: DNA polymeras bildar fosfodiestebindningen mellan 3' och 5'

Q: Vad på 3' kolet skapar DNA pol bindningen vid?
A: Finns en fri OH grupp på 3' kolet och DNA pol bildar en kovalent binding till den tidigare nukleotiden som satt där

Q: Vad skulle ske om det inte fanns en OH på 3' kolet?
A: Om det inte finns en OH där kan inte nästa bas byggas in, så fungerar många antivirala och cancer läkemedel

Q: Vad händer med nukleotiden som byggs in vid DNA pol reaktionen?
A: Pyrofosfaten spjälkas bort och det är det som ger energi till reaktionen

Q: Vilka 3 kriterier måste uppfyllas för att ett nytt byggblock ska inkorporeras i en växande DNA-kedja?
A: - Det nya byggblocket måste vara en deoxyribosnukleotid i trifosfat-form (dNTP)
- Det nya byggblocket måste baspara med basen som är närvarande i den komplementära strängen (A-T, C-G)
- Den tidigare inkorporerade nukleotiden måste ha en fri 3'OH-grupp med vilken en fosfodiesterbindning kan skapas

Q: Vad binds de 2 DNA strängarna ihop med?
A: De 2 DNA strängarna i DNA är bundna med vätebindningar

Q: Hur många vätebindningar finns mellan A-T?
A: 2 vätebindningar

Q: Hur många vätebindningar finns mellan C-G?
A: 3 vätebindningar

Q: Vad inom nukleotid/-sid-enheter kan passera genom cellmembran?
A: Fria purin och pyrimidinbaser, likt nukleosider, kan passera igenom cellmembran, men nukleotider kan inte det

Q: Vad fosforyleras nukleosider av?
A: dNMPs eller dNDPs fosforyleras av kinaser

Q: Vad defosforyleras nukleotider av?
A: Av fosfotransferas-reaktioner eller genom 5'-nukleotidaser, beroende på tillgänglighet och cellulärt behov

Q: Vad skiljer olika pyrimidiner?
A: Det som skiljer olika pyrimidiner är skillnader på pyrimidinskelettet

Q: Vad är gemensamt för alla puriner?
A: De kopplas till sockret via kväve 9

Q: Hur skiljer puriner?
A: Skiljer på purinskelettet